売掛金などが貸倒れとなったときは、貸倒れとなった金額に対応する消費税額を貸倒れの発生した課税期間の売上げに対する消費税額から控除する。対象となる貸倒れは、消費税を預ることとなる売掛金その他の債権に限り、税務上、貸倒れとして認められる主な例は次のようなものである。
役員に対して使用人同様に超過勤務手当を支給している会社もあるだろう。この役員に対する超過勤務手当は法人税法上、損金として認められるだろうか。
不動産業を営んでいる法人が、商品不動産を業者ではなく個人から仕入れることもあるだろう。この場合、その個人から受取る金銭の受取書（領収書）に印紙を貼ってもらう必要はあるだろうか。
消費税の課税標準となる金額は、通常当事者間で授受することとした対価の額となる。しかし、下記のように無償等で資産の移転が行われた場合には、次のそれぞれの金額を課税標準とすることがある。
中古資産を取得して事業の用に供した場合、その資産の耐用年数は、法定耐用年数ではなく、その事業の用に供した時以後の使用可能期間として見積もられる年数によることができる。 また、使用可能期間の見積りに多額の費用を要するなど、その見積りが困難であるときは、次の簡便法により算定した年数によることができる。
消費税の経理処理をする場合、課税資産の譲渡等や課税仕入れの時期が論点となることがある。これは法人税と同様、原則として、資産の引渡しやサ－ビスの提供があった時とされている。