消費税の納税義務者である事業者は、法人税の所得計算に当たり、消費税等について税抜経理方式又は税込経理方式のどちらを選択してもよいこととされている。 税抜経理方式による場合は、課税売上げに係る消費税等の額は仮受消費税等とし、課税仕入れに係る消費税等の額については仮払消費税等と処理し、基本的には仮受消費税等と仮払消費税等の差額が納付税額となる。 税込経理方式による場合は、課税売上げに係る消費税等の額は売上金額、仕入れに係る消費税等の額は仕入金額などに含めて計上し、消費税等の納付税額は租税公課として損金の額に算入することになる。 基本的には上記いずれの経理方式によった場合でも法人の利益（所得）に違いはない。しかし、経理方式の違いにより以下の特徴がある。
消費税の課税事業者である輸出業者は、売上にかかる消費税は無いのに、仕入・経費にかかる消費税が生じるため、確定申告書の提出により消費税の還付を受けることができる（簡易課税の適用を受けているものを除く）。この還付消費税について、一日も早く還付してもらいたいところだが、そんな方法はないのだろうか。
売掛金などが貸倒れとなったときは、貸倒れとなった金額に対応する消費税額を貸倒れの発生した課税期間の売上げに対する消費税額から控除する。対象となる貸倒れは、消費税を預ることとなる売掛金その他の債権に限り、税務上、貸倒れとして認められる主な例は次のようなものである。
役員に対して使用人同様に超過勤務手当を支給している会社もあるだろう。この役員に対する超過勤務手当は法人税法上、損金として認められるだろうか。
不動産業を営んでいる法人が、商品不動産を業者ではなく個人から仕入れることもあるだろう。この場合、その個人から受取る金銭の受取書（領収書）に印紙を貼ってもらう必要はあるだろうか。
消費税の課税標準となる金額は、通常当事者間で授受することとした対価の額となる。しかし、下記のように無償等で資産の移転が行われた場合には、次のそれぞれの金額を課税標準とすることがある。