免税事業者は売上にかかる消費税額を納めなくていい反面、支払った消費税額についても何ら考慮されないため、免税事業者時代の仕入れにかかる消費税は、原則として控除できない。しかし、今期から消費税の課税事業者になった法人が、前期以前に仕入れた棚卸資産にかかる消費税を控除することが出来る規定があることをご存知であろうか。

消費税の免税事業者であった法人が、今期から新たに課税事業者となる場合には、期首棚卸資産に係る消費税額（免税事業者であった期間に仕入れたものに限る）を今期の預った消費税から控除することができる。ただし、この適用を受けるためには、その対象となる棚卸資産の明細を記録した書類を7年間保存しなければならない。

これとは逆に今期まで課税事業者である法人が来期から免税事業者となる場合には、今期末において所有する棚卸資産に係る消費税額（今期中に仕入れたものに限る）は、支払った消費税額に含まれないことになる。この場合には上記の書類保存義務等はないことになっている。

免税事業者から課税事業者になった場合又はその逆となった場合は、棚卸資産に係る消費税額に注意を払って欲しい。