消費税の納税義務者である事業者は、法人税の所得計算に当たり、消費税等について税抜経理方式又は税込経理方式のどちらを選択してもよいこととされている。 税抜経理方式による場合は、課税売上げに係る消費税等の額は仮受消費税等とし、課税仕入れに係る消費税等の額については仮払消費税等と処理し、基本的には仮受消費税等と仮払消費税等の差額が納付税額となる。 税込経理方式による場合は、課税売上げに係る消費税等の額は売上金額、仕入れに係る消費税等の額は仕入金額などに含めて計上し、消費税等の納付税額は租税公課として損金の額に算入することになる。 基本的には上記いずれの経理方式によった場合でも法人の利益（所得）に違いはない。しかし、経理方式の違いにより以下の特徴がある。

1. 税抜経理方式の場合 ①長所…消費税抜きの本来の損益が把握でき、仮受消費税と仮払消費税の差額でおよその消費税納付税額の算出が可能であること ②短所…取引のつど消費税法上の判断が要求され日々の処理が煩雑になること

2. 税込経理方式の場合 ①長所…日々の会計処理は総額計算となるため税抜処理のような煩雑さはないこと ②短所…決算まで消費税納付税額を把握することが困難であること

なお、消費税の免税事業者である場合には、そもそも消費税を預からないことから税込経理の方法でしか処理できないことになる。